Asal mula berdirinya MI Negeri 6 Cilacap ialah karena adanya dorongan dan dukungan dari para warga serta para tokoh Masyarakat Desa Segaralangu yang peduli terhadap dunia Pendidikan, sehingga MIN 6 Cilacap yang awalnya bernama MI MIFTAHUL HUDA Sidareja berdiri pada Tanggal 01 Januari 1975.

Adapun ijin operasionalnya berdasarkan No. SK Kanwil Depag Jateng No.K/1478/ IIIb /75 Tanggal 01 Januari 1975. Selanjutnya MI MIFTAHUL HUDA tersebut menunjukkan perkembangan yang sangat baik dalam dunia Pendidikan sehingga MI MIFTAHUL HUDA ditingkatkan dari terdaftar menjadi status DIAKUI dengan SK. Ka Kanwil Depag Jateng No. WK/58/PP.005/1543/81 Tanggal 6 Juni 1981.

Kemudian pada tahun 1997 MI MIFTAHUL HUDA berubah status dari MI swasta menjadi MI Negeri Segaralangu, kemudian setelah turunya PMA nomor 211 Tahun 2015 tertanggal 27 Juli 2015 nama Madrasah Ibtidaiyah Negeri Segaralangu berubah menjadi MIN 6 Cilacap.